启东市交通运输局设下列十二个内设机构：
（一）办公室（交通战备办公室）。组织协调局机关行政日常事务工作，指导全市交通运输系统文秘工作；负责文秘、信息、信访、机要、保密、档案和人大代表建议、政协委员提案办理工作；负责起草局综合性文稿、重要报告，编纂史志、年鉴，负责有关会议的组织工作；负责局机关资产管理、车辆管理、安全保卫、后勤保障、对外接待等工作；负责全市国防交通战备动员工作。
（二）人事科。负责市交通运输系统党组织建设和党员发展、教育、管理、监督等工作；指导交通运输行业体制改革和队伍建设；负责机关及所属事业单位的机构编制、干部人事、劳动工资工作；指导交通运输专业技术职称、技工职业技能、等级考核和人才交流、智力引进工作；负责、指导交通运输系统精神文明建设及思想政治宣传教育工作；负责市交通运输系统内党风廉政建设、反腐败建设和作风建设工作的指导、监督和检查。
（三）法规科（行政服务科）。指导交通执法队伍建设，组织开展法制宣传教育；承担全市交通运输综合行政执法的协调管理工作；负责交通执法听证制度的实施；负责行政复议和重大处罚案件的审核，协调交通行政执法和执法监督工作；承办交通行政复议案件和行政诉讼案件，承担交通行业法律咨询和服务工作；负责协调局属单位内部综合治理和调解工作，来信来访及投诉处理工作；承担公路、港口、海事、运输管理、建设管理、质量监督等交通运输行政许可工作，并限时办结；组织实施启东市级交通运输行政许可统一受理、统一审批、统一送达工作；负责指导推进全市交通运输“放管服”改革工作。
（四）规划计划科。承担交通工程建设项目前期管理工作；组织拟订全市综合交通运输体系规划和公路、航道、港口、民用航空等发展规划；负责客运发展规划和道路客货运基础设施发展规划；拟定交通基础设施建设中长期计划和年度投资计划；负责监督年度投资计划的执行情况；组织编制有关交通工程建设项目的项目建议书、可行性研究报告，负责组织初步设计、项目概算文件的编制和报批等前期工作；组织做好专项评估工作；负责公路、航道工程施工图设计审查与变更审批工作。
（五）工程管理科。拟订交通工程建设质量发展目标和政策并组织实施；承担交通建设市场监管，监督管理公路、航道、港口等工程建设项目招标投标工作；承担公路、航道、港口等工程建设、运营和维护的行业管理工作，负责交通建设工程实施阶段程序管理；组织和指导交通建设工程设计、施工、监理、定额造价、试验检测的监督管理；承担交通建设市场主体的信用管理；统筹推进市级交通重大项目；参与有关交通工程建设项目交工验收，组织竣工验收。
（六）财务科。指导交通运输行业财务、会计和审计工作；负责组织编报部门预决算；承担交通运输资金的申请、拨付、监管及会计核算工作；组织机关及所属事业单位开展内部审计并完善内部控制机制。
（七）安全科。组织拟订并监督实施公路、水路和港口安全生产政策和应急预案；负责公路、水路和港口安全生产综合监管；负责有关安全生产和应急处置体系建设；组织协调交通运输行业安全生产监管工作；承担公路、水路和港口突发公共事件应急监管工件；负责全市交通运输行业单位的安全生产责任制的落实和考核工作；负责全市交通运输行业的安全宣传教育和安全培训工作；依法组织或配合有关事故调查和处理工作；组织对全市交通运输行业的安全生产评比工作。
（八）客货运管理科。负责全市道路客运、城市客运、道路货运、交通物流业的发展、规划和管理工作；承担公共汽车、出租汽车、城际客运、客运站、道路货运等行业管理工作，指导综合运输体系建设，负责道路客货运企业及站场的行业信用管理工作。
（九）水运管理科（生态环保办公室）。承担水路货运行业管理工作；承担365体育投注：内河通航水域气象观测、地质调查、大面积清除水面垃圾和其他可能影响内河通航安全作业行为的备案工作。贯彻落实和推进交通运输行业污染防治工作；依法组织或参与环境污染事件调查处理工作。
（十）维修驾培科。负责全市道路运输从业人员资格管理工作；负责做好机动车维修业户备案制度的贯彻落实工作；负责抓好全市一二类维修企业和驾培机构的信用管理工作；负责机动车维修、机动车驾驶员培训、营运车辆综合性能检测等行业管理工作；负责道路运输车辆技术管理工作；负责全市机动车维修与驾培行业维修质量、培训质量与收费等纠纷调解工作；指导并监督交通运输行业节能减排、新能源或清洁能源推广使用工作。
（十一）港口管理科（航空办公室）。负责全市沿江沿海及内河港口管理工作；贯彻落实全市港口发展政策和管理制度，统筹推进现代化港口体系建设和港口资源利用研究；负责全市港口岸线、陆域、水域管理和经营市场秩序监管；负责港口设施保安履约管理工作；负责指导航道、锚地、过驳区等公用基础设施管理工作；负责港口对外合作及港际交流；指导全市通用机场建设、运行管理和通用航空产业发展；参与协调重要航线的开辟和重大航空任务的实施。
（十二）铁路管理科。参与拟订铁路规划；配合做好铁路项目的申报、立项、勘测、设计等前期工作；配合做好铁路建设资金的筹措工作；按国家、省、市有关规定，协调全市境内铁路建设的征地拆迁安置等；负责协调铁路建设过程中的矛盾和问题，协调处理铁路和地方建设关系；指导和协调全市铁路站场周边综合配套和开发建设工作；配合做好铁路运营方面的相关工作。