市医疗保障局设下列内设机构：
（一）综合科。负责机关日常运转，承担文电、会务、信访、安全、保密、档案、信息、党建、宣传、效能、党风廉政建设、政务公开、对外合作交流和后勤保障等工作。承担干部人事、机构编制、劳动工资、教育培训和考核工作。负责机关和下属单位党群工作和离退休干部工作。承担机关财务管理，对机关下属事业单位专项资金使用情况进行监督检查，指导开展绩效评估。协同做好医疗保障基金预、决算管理。拟定全市医疗保障工作发展规划。协调做好规范性文件的合法性审查、行政执法监督、行政复议、行政应诉等工作。
（二）待遇保障科（医药服务管理科）。拟订医疗保障筹资和待遇政策，建立医疗保障待遇调整和确定机制，完善城乡医保筹资机制，统筹城乡医疗保障待遇标准；统筹推进多层次医疗保障体系建设，负责统筹城乡医疗救助、城乡居民大病保险和其他各项补充保险的管理工作；建立健全医疗保障关系转移接续政策；组织实施长期护理（照护）保险制度；组织实施医疗保障精准扶贫工作，负责拟订全市医疗救助政策并组织实施；承办离休干部医药费统筹管理服务工作。组织实施全市基本医疗保险目录和大病保险目录及支付标准，建立动态调整机制，落实目录准入规则；拟订定点医药机构医保协议和支付管理、异地就医管理和费用结算办法，组织推进医保支付方式改革；组织开展药品、医用耗材、医疗技术的经济性评价。
（三）基金监督科（医药价格科）。拟订全市医疗保障基金监督管理办法并组织实施，建立健全医疗保障基金安全防控机制，监督管理纳入医保支付范围的医疗服务行为和医疗费用；组织开展打击欺诈骗取医疗保障基金行为，依法查处医疗保障领域违法违规行为；加强医疗保障经办内控机制建设，规范医保经办业务；建立健全医疗保障信用评价体系和信息披露制度；负责医疗保障服务医师管理；牵头负责定点协议管理机构医疗保障基金使用总额管理和考核考评；推进全市医疗保障信息化建设，加强医疗保障经办服务平台、异地就医费用结算平台、医疗保障基金智能监控平台和医疗保障数据管理平台管理，加强医疗保障数据集中、分析、运用和发布，对医疗保障基金实行实时动态监管。组织实施全市药品、医用耗材价格和医疗服务项目、医疗服务设施收费等政策，建立医保支付医药服务价格合理确定和动态调整机制，推动建立市场主导的社会医药服务价格形成机制，建立价格信息监测、成本调查和发布制度；贯彻落实药品、医用耗材的招标采购、配送及结算管理政策并监督实施。